Una delle più antiche e importanti Gallerie Nazionali d'Italia, testimonia l'amore per l'arte e il collezionismo degli Estensi. Espone disegni, bronzi, ceramiche, strumenti musicali e medaglie. Sono presenti dipinti dal XIV al XVIII secolo, tra cui opere del quattrocento modenese, di scuola fiamminga, di Correggio e Velázquez.
Tra i materiali più preziosi custoditi all'interno della Biblioteca si segnalano: i Monumenta della miniatura estense, la Bibbia di Borso, la Genealogia dei Principi d'Este, il Messale di Borso, il Breviario di Ercole, la raccolta Obizzi di Catajo, i carteggi del Muratori e del Tiraboschi.
Il Museo Lapidario Estense è il primo museo pubblico istituito a Modena. La sua fondazione si deve al duca Francesco IV d’Austria-Este, che il 31 marzo 1828 ne decretò la nascita col nome di Museo Lapidario Modenese.
Sorto sull'antico Convento degli Agostiniani, l'edificio venne realizzato dal duca Francesco III d'Este su progetto di Pietro Termanini e destinato ad Albergo dei poveri. Successivamente il duca Ercole III d'Este lo trasformò in Albergo delle Arti. Oggi è un importante centro culturale modenese che riunisce vari istituti:
Il Fondo Giuseppe Graziosi è costituito dalla gipsoteca istituita nel 1984 in seguito all'acquisizione di una cospicua raccolta di opere plastiche, pittoriche e grafiche dell'artista donata dai figli Paolo Graziosi e Rosetta Graziosi Vespignani.
Situato nell'ala ovest del Palazzo dei Musei, espone le testimonianze monumentali di Mutina venute in luce negli ultimi 40 anni in seguito a rinvenimenti effettuati nelle aree esterne al perimetro della città romana occupate in età imperiale da necropoli monumentali.
AGO Modena Fabbriche culturali è un progetto che mette a sistema le istituzioni culturali che operano negli spazi che si affacciano su Largo Porta Sant’Agostino a Modena: il Palazzo dei Musei, l’ex Ospedale Estense, la Chiesa di Sant’Agostino e l’ex Ospedale Sant’Agostino. Il progetto di AGO è sottoscritto da Fondazione di Modena, MIBACT Gallerie Estensi, Comune di Modena e Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia.
I Musei del Duomo, collocati all’interno dell’area di rispetto del Sito Unesco di Modena, completano la visita alla Cattedrale permettendo di comprenderne a pieno l'arte e la storia.
La raccolta donata nel 1992 al Comune di Modena da Giuseppe Panini, fondatore dell’omonima azienda assieme ai fratelli Benito, Franco Cosimo e Umberto, raccoglie oltre 500.000 piccole stampe a colori.
L'Aedes Muratoriana costituisce uno degli isolati più caratteristici di Modena. Nel cuore di Modena, in una delle zone più suggestive della città, si trova la Aedes Muratoriana,un complesso ubicato in via della Pomposa n. 1 nell'omonima piazzetta, che comprende la chiesa di Santa Maria della Pomposa e la casa-canonica di Lodovico Antonio Muratori (1672-1750) con il giardino.
I rinvenimenti archeologici più significativi dello scavo del Novi Sad riguardano i livelli di età romana che hanno restituito un settore periferico della città di Mutina attraversato da una grande strada in ciottoli. Oltre alla strada, lo scavo ha portato in luce una necropoli con numerose tombe e monumenti funerari, due edifici rurali, vasche e impianti produttivi, e tre grandi discariche contenenti scarti di anfore e altri materiali archeologici.
La visita a questa casa consentirà di scoprire Pavarotti alla luce più intima e calda delle sue stanze, di avvicinarsi garbatamente alla sua memoria ammirando i suoi oggetti personali, conoscendo le sue abitudini quotidiane, scoprendo l’uomo di casa smessi i panni del grande artista.
La nascita del Museo Anatomico è legata alla volontà di Francesco IV arciduca d’Austria Este che nel 1817 decise di ampliare gli spazi destinati all’insegnamento delle discipline mediche
Il Laboratorio delle Macchine Matematiche è un centro di ricerca del Dipartimento di Educazione e Scienze Umane sulla didattica della matematica.
Il Museo Astronomico e Geofisico si trova presso la storica sede dell'Osservatorio Geofisico e precisamente nel torrione di levante del Palazzo Ducale.
Le raccolte zoologiche comprendono circa 3.500 vertebrati naturalizzati (uccelli, mammiferi, pesci, rettili), di cui un centinaio appartenenti alla fauna vertebrata del Modenese; circa 1.000 vertebrati conservati sotto liquido (pesci e rettili in particolare), 250 scheletri e parti anatomiche di vertebrati, varie centinaia di invertebrati conservati in alcool o formalina.
Il Museo di Paleontologia, fondato nel 1776 per volere del Duca Francesco III D’Este, nasce come parte integrante del Museo di Storia Naturale.
Il Museo di Storia Naturale, sorge nel 1786 in seguito al lascito del vescovo di Modena Giuseppe Maria Fogliani appassionato naturalista.
Il Museo raccoglie uno straordinario insieme di presepi artistici di diverse epoche e provenienze, fra cui spiccano quelli della tradizione napoletana del Settecento appartenenti ai Duchi d'Este e quelli romani dell'Ottocento.
La Biblioteca Civica d’Arte fu aperta nel 1872 in seguito al generoso lascito del modenese Luigi Poletti, architetto pontificio e progettista della Basilica di S. Paolo fuori le Mura a Roma.
